Достаточно сложные по структуре сделки требовали контроля и регулирования отлаженной регистрационной системы. В связи с ослаблением этих государственных функций с закатом эпохи Древнего мира, институт ипотеки перестал существовать в течение нескольких веков, прежде чем появиться вновь в средневековом европейском законодательстве. В Германии ипотека появляется не ранее XIV столетия; во Франции с конца XVI века действовала негласная ипотека.
Становление классического института ипотеки в Средневековье было связано с ослаблением рабовладельческого хозяйствования и массовой передачей земель арендаторам. Первоначально новая форма залога распространялась на орудия труда, которые арендаторы земель в силу объективных причин не могли передать собственникам земель (латифундистам). Позднее в ипотеку начала передаваться и недвижимость.
При ипотеке имущество оставалось во владении должника, а кредитор получал право истребовать закладываемую вещь с последующей ее продажей с торгов и компенсацией из вырученной суммы остатка долга заемщика. Примерно в таком виде институт залога существует до настоящего времени. Наряду с ипотекой, возникавшей на основании договоренности сторон, вводились различные легальные ипотеки, действовавшие на основании закона (ипотека инвестора на инвестиции, ипотека на имущество неплательщика налога, ипотека на имущество опекуна, ипотека жены на имущество мужа и т.д.). Появились ипотеки, субординированные по времени возникновения (в силу договора) или по степени их важности (в силу закона).